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新疆维吾尔自治区卫生厅卫生监督所，是根据《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》和卫生部《关于卫生监督体制改革的意见》的精神，经自治区人民政府研究决定，由自治区机构编制委员会批准（新机编字〔2002〕19号），于2002年7月10日成立。2009年6月，经卫生厅批准，完成了内设机构改革工作，将原有8个科室调整为16个，并对内设机构职责进行了重新设置，以适应卫生监督综合执法工作的发展和要求。
根据卫生部《关于卫生监督体系建设的若干规定》（卫生部第39号令），卫生厅卫生监督所在卫生厅的领导下，具体承担《中华人民共和国传染病防治法》、《中华人民共和国职业病防治法》、《中华人民共和国执业医师法》、《中华人民共和国母婴保健法》、《中华人民共和国献血法》、《中华人民共和国食品安全法》等6部卫生法律、29部卫生法规、400余部部门规章所赋予的卫生监督执法工作的组织协调和监督指导，其主要职责为：
（一）拟定辖区内卫生监督工作规划和年度计划，并制定相应的工作制度和规范；
（二）组织实施辖区内的卫生监督工作，对下级的卫生监督工作进行指导和监督检查；
（三）依法承办职责范围内的卫生行政许可、资质认定和日常卫生监督；
（四）查处辖区内大案要案，参与重大活动的卫生保障；
（五）承担国家卫生监督抽检任务，组织实施辖区内的卫生监督抽检；
（六）开展执法稽查，对下级卫生监督机构和人员的执法行为进行督察；
（七）组织协调辖区内各级卫生监督机构的分级管理，落实执法责任制；
（八）负责辖区内卫生监督人员的资格审定工作，组织开展资格考试；
（九）组织辖区内卫生监督人员培训；
（十）负责辖区内卫生监督信息的汇总、核实、分析、上报，并按照规定进行发布；
（十一）组织开展卫生法律法规宣传教育；
（十二）协调和指导辖区内铁路、交通、民航部门的卫生监督工作；
（十三）承担卫生厅指定或交办的卫生监督事项。
 
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